Influenssa A ja B sekä RS -virusten verifiointi Cobas 6800 -analysaattorille

Abstract

Influenssa A ja B sekä RS -virukset ovat hengitystiepatogeeneja, jotka aiheuttavat oireiltaan samankaltaisia hengitystieinfektioita. Hengitystieinfektiot kestävät tyypillisesti pari viikkoa ja paranevat itsestään, mutta voivat aiheuttaa vakavia infektioita lapsille, vanhuksille, raskaana oleville ja henkilöille, joiden immuunipuolustus on heikentynyt. Mahdollisen hoidon kohdistamiseksi ja laitospotilaiden kohortoinnin järjestämiseksi on tärkeää saada nopeasti selville oikea taudinaiheuttaja.

Virologian ja immunologian laboratoriossa halutaan ottaa käyttöön uusi tutkimus Cobas 6800 -analysaattorille, jolla on mahdollista määrittää samalla kertaa kaikki kolme hengitystiepatogeenia ja SARS-CoV-2 yhdestä nenänielutikkunäytteestä. Koska Rochella ei ole valmiina kaikki neljä patogeenia sisältävää testikittiä, tutkimus on tarkoitus toteuttaa kahdella eri testikitillä. SARS-CoV-2-testi on jo käytössä virologian ja immunologian laboratoriossa, influenssa A ja B sekä RS -virukset sisältävä testikitti tulee verifioida ennen mahdollista käyttöönottoa.

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli verifioida Rochen Cobas Influenza A/B & RSV UC -testikitti Cobas 6800 -analysaattorille virologian ja immunologian laboratoriossa. Tavoitteena oli selvittää, onko testikitti riittävän hyvän virologian ja immunologian laboratorion diagnostiseen käyttöön. Testin herkkyys ja tarkkuus jokaista patogeenia kohtaan määritettiin verifioinnin aikana. Referenssimenetelmänä käytettiin Cepheidin GeneXpert -analysaattoria.

Verifiointinäytteinä oli 104 nenänielunäytettä. 20 positiivista näytettä jokaista verifioitavaa patogeenia kohden ja 4 monipositiivista näytettä. 20 tutkittavien patogeenien osalta negatiivista näytettä, 10 muiden hengitystievirusten kuin tutkittavien patogeenien osalta positiivista näytettä ja 10 SARS-CoV-2-positiivista näytettä. Lisäksi tehtiin laimennossarja positiivisista kontrolleista ja analysoitiin ulkoisia laaduntarkkailunäytteitä.

Cobas 6800 tunnisti 4 RS-viruspositiivista näytettä negatiivisiksi. Nämä näytteet analysoitiin uudelleen GeneXpertillä, joka tunnisti näytteet RS-viruspositiivisiksi. Laimennossarjan perusteella referenssimenetelmän ja verifioitavan menetelmän herkkyys vastasi toisiaan. On mahdollista, että GeneXpert ja Cobas 6800 käyttävät eri kohdegeenejä RS-viruksen monistamiseen. On myös mahdollista, että näiden näytteiden sisältämissä viruksissa oli mutaatioita kohdegeeneissä.

Tulokset osoittivat, että Roche Cobas Influenza A/B & RSV UC -testikitin herkkyys influenssa A -virukselle on 100 %, influenssa B -virukselle 100 % ja RS-virukselle 83 %. Tarkkuus kaikille verifioitaville patogeeneille on 100 %. Saatujen tulosten perusteella herkkyys RS-viruksen osalta ei ole riittävä. Tämän verifioinnin perusteella testi ei ole riittävän hyvä virologian ja immunologian laboratorion diagnostiseen käyttöön. Menetelmää tulee testata lisää, mikäli se halutaan ottaa käyttöön tulevaisuudessa.

Influenza A/B and RSV are respiratory pathogens which cause respiratory infections with similar symptoms. Respiratory infections typically last one to two weeks and usually go away on their own, but can cause severe infection in children, elders, pregnant women and people whose immune system is compromised. Rapid identification of these pathogens is essential for utilizing treatment and cohorting patients by pathogen.

The virology and immunology laboratory in Helsinki is looking for a new method to detect these respiratory pathogens and SARS-CoV-2 from a single nasopharyngeal swab sample using Cobas 6800 analyzer. Because Roche does not have a single test kit for all these pathogens, the method is intended to be utilized using two different test kits. The kit for detecting SARS-CoV-2 is already in use in the virology and immunology laboratory. The kit for detecting influenza A/B and RSV needs to be verified before it is used.

The purpose of the study was to verify the Roche Cobas Influenza A/B & RSV UC test for Cobas 6800 PCR-analyzer in the virology and immunology laboratory. The aim of the study was to find out if the test performance is adequate for clinical use in virology and immunology laboratory. Sensitivity and specificity of the test for each pathogen was conducted during verification. The reference method used was the Cepheid GeneXpert.

Verification was carried out using 104 nasopharyngeal swab samples. 20 positive samples for each pathogen. 4 samples were positive for more than one pathogen. 20 samples were negative for all tested pathogens. 10 samples were positive for other respiratory pathogens with similar symptoms and 10 samples were positive for SARS-CoV-2. Serial dilution of positive controls and external quality assessments were also conducted.

There were 4 RSV positive samples which were detected as negative by Cobas 6800. These samples were re-analysed using GeneXpert and came back positive. During serial dilution both methods were found to be equally sensitive. It is possible that GeneXpert and Cobas 6800 use different target genes which may affect the detection of RSV. It is also possible that these samples have mutations in target genes.

The results showed that the sensitivity of Roche Cobas Influenza A/B & RSV UC test is 100% for influenza A, 100% for influenza B and 83% for RSV. The specificity is 100% for all tested pathogens. These results indicate that the test is not sufficiently sensitive for RSV. Based on this verification the test performance is not adequate enough for clinical use in virology and immunology laboratory. Further tests should be conducted if the test is intended to be used.