OMOP-tietomallin hyödyntäminen terveystietojen toisiokäytössä ja kansallisten koodistojen sovittaminen kansainvälisiin standardeihin

Abstract

Sähköisen terveysdatan valtava lisääntyminen on synnyttänyt kiinnostuksen sen hyödyntämiseen TKI-toiminnassa, tiedolla johtamisessa ja päätöksenteossa. Suomella on pitkät perinteet sote-datan käytöstä ja olemme osoittaneet edelläkävijyyttä myös luomalla säädöspohjaa tällaisen tiedon toisiokäytöstä. Tiedon käyttö ei kuitenkaan ole yksinkertaista ja Suomen toisiolain mahdollistama datan keskitetty käyttö tietoturvallisessa käyttöympäristössä on osoittautunut toisinaan mutkikkaaksi. Eri tietolähteistä kerättävä tieto on myös harvoin riittävän yhteismitallista suoraan hyödynnettäväksi. Tämän ongelman ratkaisemiseksi on kehitetty kansainvälisiä standardoituja tietomalleja. Näistä yksi on OHDSI-yhteisön (Observational Health Data Sciences and Informatics) eli tutkijoiden ja eri sidosryhmien ylläpitämä yhteistyöhanke OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership) -tietomalli. OMOP-tietomalli tuottaa avoimen lähdekoodin ratkaisuja terveysdatan analytiikkaan ja on saanut muun muuassa Euroopan terveysdata-avaruus hankkeen ja Euroopan lääkeviraston tuen.

Opinnäytetyön tavoitteena oli kuvata prosessi, jolla kansallisia terveydenhuollon koodistoja viedään kansainväliseen OMOP-tietomalliin, ja toteuttaa tapaustutkimuksena yhden kansallisen koodiston sovittaminen OMOP-tietomallin käyttämään kansainväliseen standardisanastoon. Taustoituksena esitetään yleiskuvaus OMOP-tietomallista ja sen käytöstä Suomessa ja kansainvälisesti. Sovittamisprosessin keskeisiksi rooleiksi ja toiminnoiksi tunnistettiin OMOP-konversion suunnittelu ja toteutus, koodiston sovittamisessa tarvittava kliininen asiantuntemus, Suomen FinOMOP-sanastotietovarannon ylläpito ja koodien tarkastus. Sovittamisen tapaustutkimus syvensi tietämystä OHDSI-työkaluista (esim. Git, Athena, Usagi) ja kuvauksen tavoitteena on myös selvittää lukijalle, kuinka datan yhtenäistämiseen päästään. Tapaustutkimus paljasti myös joitakin sovittamisen käytännön haasteita, kuten esimerkiksi joidenkin käsityötä vaativien vaiheiden työläyden sekä Usagin edellyttämät englanninkieliset lähdekäsitteet. Englanninkielisen version tuottaminen Suomen kansallisista koodistoista voisi ratkaista tämän ongelman.

OMOP-tietomallin käyttöönottoa Suomessa on tähän saakka toteuttanut FinOMOP-tutkijayhteistyö osittain vapaaehtoistyönä. Mikäli OMOP-tietomalli halutaan osaksi Suomen terveystiedon tuotantoa, hallintaa ja hyödyntämistä, sen kehittämiselle ja ylläpidolle on luotava hallinto- ja rahoitusmalli.