Kvalitatiivisen qPCR-menetelmän verifiointi Salmonella spp. -bakteerien toteamiseen eläinperäisistä rehuista ja rehun raaka-aineista
Rasinkangas, Milla (2023)
2023
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2023093026606
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2023093026606
Tiivistelmä
Opinnäytetyön tavoitteena oli osoittaa kvalitatiivisen SureTect qPCR -menetelmän soveltuvuus eläinperäisten rehujen salmonellavalvontaan. Lisäksi tavoitteena oli osoittaa kaupallisten varmistustestien toimivuus salmonellojen toteamisessa, soveltaen EN ISO 6579-1 -standardin vaatimia testejä. Rehujen valvonnan avulla voidaan osaltaan turvata elintarviketurvallisuutta sekä edistää eläinten terveyttä. Opinnäytetyö toteutettiin MetropoliLab Oy:n elintarvikemikrobiologian laboratoriossa.
Verifiointi suoritettiin elintarvikemikrobiologian menetelmien validointiin tarkoitetun EN ISO 16140-3 -standardin mukaan. Standardi antaa ohjeet koejärjestelyihin sekä toteamisrajan määrittämiseen, joka kertoo menetelmän soveltuvuudesta salmonellojen toteamiseen eläinperäisten rehuista. Varmistustestaukset toteutettiin EN ISO 6579-1 -standardin ohjeiden mukaan. Menetelmän käyttöönotto nopeuttaa tulosten toimitusaikaa kahdella vuorokaudella. Alustavat tulokset voidaan antaa jo vuorokauden sisällä näytteen tutkimuksen aloittamisesta.
Verifiointikokeiden tavoitteena oli määrittää arvioitu toteamisraja (eLOD50) sekä arvioida mittausepävarmuutta menetelmän virhelähteiden avulla, minkä jälkeen voitiin varmistaa menetelmällä saatujen tulosten oikeellisuus osallistumalla pätevyyskokeeseen. Vasikan maitojauheelle ja koiran märkäruualle saatiin määritettyä eLOD50-arvoksi ≤1 pmy, kun taas lohiöljylle saatiin 3,25 pmy. Koiran lohipuruluiden eLOD50-arvoksi määritettiin 1,95 pmy ja koiran kuivaruualle 1,3 pmy. Toteamisrajat vaihtelivat näytetyypin mukaan, mutta jokainen näytetyyppi täytti sille asetetun hyväksyttävyysrajan. Arvioitu toteamisraja (eLOD50) eläinperäisille rehuille oli ≤ 2 pmy. Menetelmän herkkyyden ja nopeuden avulla voidaan löytää salmonella näytteestä helpommin ja siten edistää eläinten terveyttä sekä elintarviketurvallisuutta.
Verifiointi suoritettiin elintarvikemikrobiologian menetelmien validointiin tarkoitetun EN ISO 16140-3 -standardin mukaan. Standardi antaa ohjeet koejärjestelyihin sekä toteamisrajan määrittämiseen, joka kertoo menetelmän soveltuvuudesta salmonellojen toteamiseen eläinperäisten rehuista. Varmistustestaukset toteutettiin EN ISO 6579-1 -standardin ohjeiden mukaan. Menetelmän käyttöönotto nopeuttaa tulosten toimitusaikaa kahdella vuorokaudella. Alustavat tulokset voidaan antaa jo vuorokauden sisällä näytteen tutkimuksen aloittamisesta.
Verifiointikokeiden tavoitteena oli määrittää arvioitu toteamisraja (eLOD50) sekä arvioida mittausepävarmuutta menetelmän virhelähteiden avulla, minkä jälkeen voitiin varmistaa menetelmällä saatujen tulosten oikeellisuus osallistumalla pätevyyskokeeseen. Vasikan maitojauheelle ja koiran märkäruualle saatiin määritettyä eLOD50-arvoksi ≤1 pmy, kun taas lohiöljylle saatiin 3,25 pmy. Koiran lohipuruluiden eLOD50-arvoksi määritettiin 1,95 pmy ja koiran kuivaruualle 1,3 pmy. Toteamisrajat vaihtelivat näytetyypin mukaan, mutta jokainen näytetyyppi täytti sille asetetun hyväksyttävyysrajan. Arvioitu toteamisraja (eLOD50) eläinperäisille rehuille oli ≤ 2 pmy. Menetelmän herkkyyden ja nopeuden avulla voidaan löytää salmonella näytteestä helpommin ja siten edistää eläinten terveyttä sekä elintarviketurvallisuutta.