Näytteenkeräyskorttien soveltuvuus DNA:n säilytyksessä

Abstract

Geneettinen tieto lisääntyy jatkuvasti ja siten genetiikan tutkimuksia hyödynnetään yhä enemmän terveydenhuollossa. Tutkimusmäärien kasvu lisää genetiikan laboratorion näytemäärää ja asettaa tarpeen kehittää uusia näytteiden säilytysratkaisuja. Nykyisin Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy:n genetiikan laboratorio säilyttää tutkittuja DNA-näytteitä 12 vuotta pakastimessa. Näytteiden pakastaminen vie paljon sekä tilaa että energiaa.

Opinnäytetyössä oli tarkoituksena tutkia kaksijuosteisen DNA:n säilyvyyttä GenReleaz™- ja GenReleaz™ Color -näytteenkeräyskorteissa ja selvittää korteilta vapautetun DNA:n soveltuvuutta Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy:n genetiikan laboratoriossa tehtäviin molekyyligenetiikan tutkimuksiin. Näytteenkeräyskorteille imeytettiin veri- ja DNA-näytteitä. Kahden ja kahdeksan kuukauden kuluttua imeytyksestä DNA vapautettiin korteilta ja arvioitiin sen laatua mittausmenetelmin. Työn tavoitteena oli tuottaa Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy:n genetiikan laboratoriolle lisätietoa ja kehitysideoita DNA:n säilytykselle. Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy:n genetiikan laboratorio toimi opinnäytetyössä työn tilaajana.

Työn tulokset osoittivat, että GenReleaz™- ja GenReleaz™ Color -korteilta vapautettu DNA ei riittänyt vastaamaan Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy:n genetiikan laboratorion asettamia vähimmäisnäytemääriä eri tutkimuksille. Näytteenkeräyskorteilta vapautetun DNA:n sisältämä eluaatti ei sisältänyt riittävästi kaksijuosteista DNA:ta ja eluaatti oli epäpuhdasta. Siten korteilta vapautunut DNA ei sovellu laadullisesti genetiikan tutkimuksiin. DNA:n säilyvyydessä ei ollut huomattavia eroja kahden ja kahdeksan kuukauden korttisäilytyksen aikana, mutta DNA:n kaksijuosteinen rakenne kärsi vapautuksen aikana.

DNA:n vapautusmenetelmää näytteenkeräyskorteilta tulisi kehittää parempien ja laadukkaampien DNA-pitoisuuksien saavuttamiseksi. Yksi ratkaisu voisi olla puhdistaa näytteenkeräyskortilta vapautunut DNA vielä erikseen siihen soveltuvalla kitillä. Lisäksi voitaisiin testata eri näytteenkeräyskortteja, joissa käytetään eri DNA:n vapautusmenetelmää kuin GenReleaz™- ja GenReleaz™ Color -korteissa.

Genetic information is constantly increasing and thus genetic research is increasingly being used in healthcare. The increase in research volumes increases the number of samples in the genetics laboratory and creates the need for developing new sample preservation solutions. Today, Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy’s genetics laboratory keeps the studied DNA samples in the freezer for 12 years. Freezing the samples takes up a lot of both space and energy.

The purpose of the thesis was to study the preservation on double-stranded DNA in the GenReleaz™- and GenReleaz™ Color -specimen collection cards and to examine the suitability of DNA released from the cards for molecular genetics studies at Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy’s genetics laboratory. Blood and DNA samples were absorbed into the specimen collection cards. After two and eight months of absorption the DNA was released from the cards and evaluated for its quality using measurement methods. The aim of the work was to produce additional information and developmental ideas for DNA preservation. Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy’s genetics laboratory acted as the orderer of the work in the thesis.

The results of the work showed that the DNA released from GenReleaz™- and GenReleaz™ Color -cards was not enough to meet the minimum number of samples set by Tampereen Fimlab Laboratoriot Oy’s genetics laboratory for different studies. The eluate released from the specimen collection cards did not contain enough double-stranded DNA and the eluate was impure. Thus, the DNA released from the cards is not qualitatively suitable for genetic studies. There were no significant differences in DNA preservation during the two and eight-month card-holding period but the double-stranded structure of DNA suffered during the release.

The DNA release method from specimen collection cards should be developed to achieve better and higher quality DNA concentrations. One solution could be to try to clean the DNA released from the specimen collection card separately with a suitable kit. In addition, one could test different specimen collection cards using a different DNA release method than GenReleaz™- and GenReleaz™ Color -cards.