Mykoplasman dekontaminaatiomenetelmät pipetistä ja erilaisten suodattimien merkitys kontaminaation ehkäisyssä
Kukkonen, Thao (2023)
2023
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2023113032944
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2023113032944
Tiivistelmä
Mykoplasmabakteerit ovat yksi yleisimmistä soluviljelykontaminaation aiheuttajista, joista on vaikea päästä kokonaan eroon. Mykoplasmat voivat levitä laboratoriohenkilökunnan, kontaminoituneiden laboratoriovälineiden, reagenssien tai huonojen työskentelytapojen seurauksena. Mykoplasmoista on vaikea päästä eroon, koska niillä ei ole soluseinää, ja siksi niihin eivät tehoa käytetyimmät antibiootit. Pienen kokonsa ansiosta (0,2–0,8 µm) ne läpäisevät helposti yleisiä suodattimia, joita käytetään steriiliin suodatukseen. Lisäksi niitä on vaikea nähdä tavallisella mikroskoopilla.
Opinnäytetyössä tutkittiin ensiksi, mikä on mykoplasmalle altistuneiden pipettien tehokkain puhdistusmenetelmä. Toiseksi selvitettiin, miten hyvin erilaiset kärjet ja suodattimet estävät pipetin kontaminaatiota. Tulosten valmistuttua pohdittiin suorien ja käänteisten pipetointitekniikoiden merkitystä kontaminaatiossa. Työ jaettiin dekontaminaatiokokeeseen ja suodatintestiin. Ensimmäinen koe tehtiin kolme kertaa ja jälkimmäinen viisi kertaa. Dekontaminaatiokokeiden aikana tehtiin myös qPCR-analyysia mykoplasman DNA-jäänteiden todentamiseksi.
Dekontaminaatiokokeiden tulosten perusteella tehokkaimmat puhdistusmenetelmät olivat autoklavointi, DNA/RNA-ExitusPlus, PCR Clean Wipes, Sterile Contec Prochlor ja 70-prosenttinen etanoli. Näillä puhdistusmenetelmillä saatiin negatiiviset tulokset maljakasvatuksessa. Suodatintesteissä saatiin monien näytteiden kohdalla positiivisia pesäketuloksia. Safetyspace-suodatilliset kärjet osoittautuivat luotettavimmiksi. Vaikka monet suodatinnäytteet kontaminoituivat, ehkäisivät suodattimet hyvin bakteerien pääsyä pipettien alapäihin.
Opinnäytetyössä tutkittiin ensiksi, mikä on mykoplasmalle altistuneiden pipettien tehokkain puhdistusmenetelmä. Toiseksi selvitettiin, miten hyvin erilaiset kärjet ja suodattimet estävät pipetin kontaminaatiota. Tulosten valmistuttua pohdittiin suorien ja käänteisten pipetointitekniikoiden merkitystä kontaminaatiossa. Työ jaettiin dekontaminaatiokokeeseen ja suodatintestiin. Ensimmäinen koe tehtiin kolme kertaa ja jälkimmäinen viisi kertaa. Dekontaminaatiokokeiden aikana tehtiin myös qPCR-analyysia mykoplasman DNA-jäänteiden todentamiseksi.
Dekontaminaatiokokeiden tulosten perusteella tehokkaimmat puhdistusmenetelmät olivat autoklavointi, DNA/RNA-ExitusPlus, PCR Clean Wipes, Sterile Contec Prochlor ja 70-prosenttinen etanoli. Näillä puhdistusmenetelmillä saatiin negatiiviset tulokset maljakasvatuksessa. Suodatintesteissä saatiin monien näytteiden kohdalla positiivisia pesäketuloksia. Safetyspace-suodatilliset kärjet osoittautuivat luotettavimmiksi. Vaikka monet suodatinnäytteet kontaminoituivat, ehkäisivät suodattimet hyvin bakteerien pääsyä pipettien alapäihin.