Kontaminaatiot kliinisen bakteriologian PCR-laboratoriossa

Abstract

Polymeraasiketjureaktio eli PCR on yksi geenitekniikan sovelluksista, jonka avulla voidaan tunnistaa esimerkiksi taudinaiheuttajabakteereita potilasnäytteistä. PCR-menetelmä on herkkä kontaminaatiolle, mikä voi aiheuttaa lisätöitä henkilökunnalle ja lisäkustannuksia organisaatiolle. Yleisbakteeri (YB)-PCR-menetelmä on erityisen herkkä kontaminaatioille, sillä se tunnistaa lähes kaikki bakteerilajit.

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää, mitä bakteerikontaminaatiolajeja HUSLAB:n kliinisen mikrobiologian PCR-laboratoriossa on havaittu ja miten niiden määrä on muuttunut vuosien 2010-2013 aikana sekä minkälaisia toiminnan muutoksia samassa PCR-laboratoriossa on tehty tuona aikana. Näiden tietojen avulla selvitettiin sitä, onko jollakin toiminnan muutoksilla yhteyttä bakteerikontaminaatiolöydösmääriin. Opinnäytetyön tavoitteena oli vähentää kontaminaatioista johtuvia lisäkustannuksia sekä henkilökunnan että organisaation tasolla ja lisätä ymmärrystä kontaminaatioden ehkäisemiseen sekä antaa lisätukea tulevaisuudessa siihen, miten kontaminaatiotilanteissa tulisi toimia.

Aineistoksi kerättiin potilastietojärjestelmästä vuosien 2010-2013 välisenä aikana kontaminaatioiksi luokitellut YB-PCR tulokset. Samalta ajalta kerättiin erilaisista dokumenteista toiminnan muutoksia, joita PCR-laboratoriossa oli tehty. Näiden välisiä yhteyksiä analysoitiin korrelaatiokertoimen ja khii toiseen-riippumattomuustestin avulla. Opinnäytetyön tulosten pohjalta löytyi neljä toiminnan muutosta, jolla on ollut yhteyttä jonkin bakteerikontaminaatiolajin määrän lisääntymiseen. Millään toiminnan muutoksella ei ollut yhteyttä bakteerikontaminaatiolajien määrän vähentymiseen.

Tämän opinnäytetyön pohjalta voidaan todeta, että kontaminaatiolähdettä ei useinkaan saada selville. Oleellisinta kontaminaatiotilanteissa ei välttämättä olekaan se, mistä kontaminaatio on lähtöisin, vaan se, miten kontaminaatiosta päästään eroon ja miten niitä voidaan ennaltaehkäistä. PCR-laboratorion henkilökunnalle tulisi tehdä ohjeistukset siitä, miten kontaminaatiotilanteissa tulee ensisijaisesti toimia. Näin kontaminaatiosta voitaisiin mahdollisesti päästä nopeammin eroon ja säästettäisiin niin henkilökunnan kuin organisaation resursseja.

Polymerase chain reaction or PCR, is one of the applications of gene technology, which allows the diagnosis can be identified by, for example, the disease caused by the bacteria in patient samples. The PCR method is sensitive to contamination, which may cause extra work for the personal and extra costs for the organization. YB-PCR method is more sensitive to contamination, because it detects almost all bacterial species.

Purpose of this thesis was to find out what bacteria contamination species in clinical microbiology laboratory of HUSLAB has been found, how bacteria contaminations amount has changed during period 2010-2013, and what kind of changes in working in the PCR laboratory have been made during that time. This information was used to determine whether any of these changes in the working had a contact the changes of amount of bacteria contamination species. The aim of this thesis was to reduce the extra costs because of the contamination for both personal and the organization. The aim was also to increase the understanding the prevention of contamination, as well as to provide additional support in the future as how to personal should work when contamination has been noticed.

The data of contaminations of the YB-PCR-results was collected from patient information system during the years 2010-2013. For the same period were collected from various documents of changes in working which was done in the PCR-laboratory. The connections between the collected data were analysed with correlation coefficient and Chi Square-independence test. Based on this thesis, the results found four changes in the working, which had a connection of increase in some bacteria contamination species. No changes in working had connection of decrease in some bacteria contamination species.

Based on this thesis it can be concluded that the source of contamination is often not identified. When contamination has been noticed the most essential thing is not necessarily the fact where the contamination is coming from, but how to get rid of contamination and how contaminations can be prevented. First of all to the PCR laboratory personal should be done instructions on how to operate when contamination has been noticed. With the instructions the contamination could possibly get rid of more quickly, and would save both for personal and the organization's resources