CRISPR-menetelmä poistogeenisen solulinjan valmistuksessa
Pesonen, Johanna (2014)
2014
Julkaisun pysyvä osoite on
http://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014121119505
http://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014121119505
Tiivistelmä
CRISPR on uusi tarkka menetelmä geenitekniikan alalla. Se perustuu alun perin bakteerien virustorjuntaan, jossa viruksen DNA:ta lisätään osaksi bakteerin omaa genomia. CRISPR on luotettava, melko edullinen ja yksinkertainen geeninmuokkausmenetelmä.
Työn tarkoituksena oli luoda poistogeeninen solulinja CRISPR-menetelmän avulla. Geeni, joka työssä pyrittiin poistamaan, vastaa AE2-proteiinin tuotannosta Golgin laitteessa. AE2-proteiinin tehtävänä solussa on siirtää ainioneita solukalvon läpi ja säädellä Golgin laitteen pH:ta. Proteiini on todennäköisesti soluille tärkeä pH:n ylläpidossa, ja solulinjan luomisella haluttiin todistaa sen merkitys niille.
Solulinjan valmistamisessa ei onnistuttu, vaikka klooneja onnistuttiinkin saamaan työssä 4 kpl. On mahdollista, että proteiini AE2, jonka tuotannon poistogeenisyys lopettaa, oli soluille liian tärkeä elämisen kannalta ja onnistuneen transfektion solu kuolivat. Toisena syynä tähän saattoi olla plasmidin ihmisperäisyyden ja solulinjan apinaperäisyyden yhteensopimattomuus. Tästä johtuen sekvenssissä kriittisessä kohtaa sijainnut yhden emäsparin eroavaisuus saattoi estää halutun poistogeenisen DNA-palan siirtymisen solun genomiin.
Työ tehtiin Oulun yliopiston biokemian ja molekyylilääketieteen tiedekunnassa syksyllä 2014 Sakari Kellokummun ryhmässä. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun tätä geeninmuokkausmenetelmää käytettiin kyseisessä ryhmässä.
Työn tarkoituksena oli luoda poistogeeninen solulinja CRISPR-menetelmän avulla. Geeni, joka työssä pyrittiin poistamaan, vastaa AE2-proteiinin tuotannosta Golgin laitteessa. AE2-proteiinin tehtävänä solussa on siirtää ainioneita solukalvon läpi ja säädellä Golgin laitteen pH:ta. Proteiini on todennäköisesti soluille tärkeä pH:n ylläpidossa, ja solulinjan luomisella haluttiin todistaa sen merkitys niille.
Solulinjan valmistamisessa ei onnistuttu, vaikka klooneja onnistuttiinkin saamaan työssä 4 kpl. On mahdollista, että proteiini AE2, jonka tuotannon poistogeenisyys lopettaa, oli soluille liian tärkeä elämisen kannalta ja onnistuneen transfektion solu kuolivat. Toisena syynä tähän saattoi olla plasmidin ihmisperäisyyden ja solulinjan apinaperäisyyden yhteensopimattomuus. Tästä johtuen sekvenssissä kriittisessä kohtaa sijainnut yhden emäsparin eroavaisuus saattoi estää halutun poistogeenisen DNA-palan siirtymisen solun genomiin.
Työ tehtiin Oulun yliopiston biokemian ja molekyylilääketieteen tiedekunnassa syksyllä 2014 Sakari Kellokummun ryhmässä. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun tätä geeninmuokkausmenetelmää käytettiin kyseisessä ryhmässä.