Manuaalisen ja automaattisen skannauksen ja analyysin vertailu kudosleikkeen FISH:ssa

Abstract

Opinnäytetyön tarkoituksena oli verrata automaattisen ja manuaalisen FISH-skannauksen ja analyysin yhdenmukaisuutta. Vertailu suoritettiin skannaamalla ja analysoimalla automaattimenetelmällä aiemmin manuaalisesti analysoituja näytteitä ja vertailemalla saatuja tuloksia kvalitatiivisesti. Vertailussa arvioitiin tulosten yhdenmukaisuutta, automaattisen menetelmän toimivuutta histologisille näytteille sekä etäyhteyksien ja tiedonsiirron toimivuutta. Tavoitteena oli myös löytää menetelmän haasteet ja kehityskohdat, sekä pohtia ratkaisuja ongelmiin. Manuaalisen ja automaattisen analyysin tuloksista laadittiin taulukko, jonka avulla tuloksia vertailtiin. Vertailun tulokset kuvailtiin myös sanallisesti ja pohdittiin tulosten merkitystä analyysin laatuun ja käytännön työhön. Opinnäytetyö tehtiin Hus Diagnostiikkakeskuksen genetiikan laboratoriolle.

Vertailun tulosten perusteella todettiin kudosleikkeen rakenteen ja hybridisaation onnistumisen vaikuttavan automaattiskannauksen ja analyysiohjelman tuloksiin. Hyvälaatuisissa näytteissä soluja pysyttiin analysoimaan vaivattomasti useita satoja, haasteellisissa näytteissä alhaisimmillaan alle 10 solua. Analyysien tulokset olivat yhdenmukaisia pos/neg-tasolla niiltä osin kun analyysin pystyi suorittamaan. Kuudestatoista vertailunäytteestä automaattinen analyysi pystyttiin tekemään 13 näytteelle (81 %), kolmessa näytteessä ei havaittu signaaleja annotoidulla alueella. Vertailun tulosten yhdenmukaisuutta arvioitaessa huomioitiin annotoitujen leikkeiden erilaisuus verrattuna vertailunäytteisiin, sekä kasvainsolujen mahdollinen poisleikkautuminen vertailunäytteistä. Vertailun tulosten perusteella voidaan todeta automaattisen skannauksen ja analyysin sopivan lymfoomakudosleikkeille. Analyysitulosten ollessa yhdenmukaisia voidaan analyysiohjelman tuloksia pitää luotettavana. On kuitenkin huomioitava menetelmän ja näytemateriaalin haasteet analyysia tehdessä. Kudoksen rakenteesta ja hybridisaation onnistumisesta riippuen analyysia on tehtävä myös manuaalisesti mikroskopoimalla, silloin kun näytteen laatu ei ole riittävä automaattiselle analyysille. Automaatiolla ei voida täysin korvata ammattilaisen työskentelyä kudosleikkeen FISH-analyysissa.