HIV-1-genotyypitysmenetelmän verifiointi

Abstract

Hiv on veri- ja seksiteitse tarttuvan viruksen aiheuttama infektiosairaus. Ilman lääkehoitoa infektio johtaa kuolemaan. Elinikäisellä hiv-lääkityksellä estetään viruksen lisääntyminen elimistössä sekä sairauden eteneminen. Jos lääkehoito on epäsäännöllistä, virus kykenee lisääntymään lääkepaineen alla. Tällöin viruksen perimään kasaantuu mutaatioita, jotka aiheuttavat virusproteiineihin muutoksia. Ne voivat johtaa viruksen muuntumiseen lääkkeille resistentiksi alentaen lääkkeiden tehoa. Resistenssiviruskanta voi siirtyä hiv-tartunnassa ihmisestä toiseen. Pian tartunnan toteamisen jälkeen suositellaan tehtäväksi primaarinen lääkeresistenssimääritys. Määritys tehdään myös lääkehoidon pettäessä. Suomessa HIV-1-lääkeresistenssiä määritetään THL:n Asiantuntijamikrobiologiayksikössä maksullisena palveluna. Genotyypitykseen perustuvassa menetelmässä selvitetään sekvenssianalyysien avulla HI-viruksen genomiin syntyneitä nukleotidi- ja aminohappomuutoksia. Resistenssitulkinta tukee potilasta hoitavaa infektiolääkäriä hiv-lääkehoidon suunnittelussa. THL:ssa käytössä olleen kaupallisen genotyypitykseen ja Sanger-sekvensointiin perustuvan HIV-1-lääkeresistenssin määrityskitin valmistus lopetettiin vuonna 2021. Tilalle valittiin samankaltainen kitti, HIV-1 Genotyping Kit with Integrase (The Applied Biosystems). Kun laboratoriossa otetaan käyttöön uusi menetelmä, se täytyy ensin verifioida tai validoida. Verifiointi tarkoittaa todentamista ja sillä laboratorio osoittaa tulosten oikeellisuuden varmistamalla valittujen suorituskykyominaisuuksien täyttymisen. HIV-1 Genotyping Kit with Integrase -kitin verifiointi toteutettiin opinnäytetyönä tutkimuksellisen kehittämistyön ottein laatustandardi SFS/ISO 17025:2017 mukaisesti. Verifioinnissa arvioitiin kitin suorituskykyominaisuuksia, joita olivat monistusherkkyys, tarkkuus, HIV-1-alatyyppikattavuus, sekvensointialukkeiden toimivuus, oikeellisuus ja suorituskyky. Arviointi tehtiin HIV-1-sekvenssianalyysien avulla. Näyteaineistona käytettiin potilas- ja laadunarviointikierrosnäytteitä. Tuloksia verrattiin aiemmalla kitillä saatuihin sekä laatukierrosten tuloksiin. Verifioinnilla osoitettiin menetelmän täyttävän sille asetetut vaatimukset. Opinnäytetyön tavoitteena oli ottaa käyttöön ottaa uusi HIV-1-lääkeresistenssimenetelmä sekä ylläpitää valmiutta määrittää HIV-1-lääkeherkkyyksiä Suomessa. Menetelmän toimivuutta seurataan verifioinnin jälkeen korkean laboratoriolaadun sekä luotettavien laboratoriotulosten varmistamiseksi. Verifiointipohjaa voidaan hyödyntää muiden virusresistenssimääritysten mallipohjana. Tulevaisuudessa on mahdollista siirtyä kokogenomipohjaiseen HIV-1-lääkeresistenssin määritykseen.