Molekyylipatologian menetelmän käyttö IDH-mutaation todentamisessa

Abstract

Molekyylipatologia on patologian erikoisala, jossa tutkitaan nukleiinihappoja eli DNA:ta ja RNA:ta sekä niissä tapahtuneita muutoksia. Ala kehittyy nopeasti ja tutkittavia mutaatioita löytyy koko ajan lisää, joten molekyylipatologian merkitys osana kliinisen patologian diagnostiikkaa on kasvamassa. Isositraattidehydrogenaasi- eli IDH-geenin mutaatio on yksi tärkeimmistä molekyylimuutoksista glioomissa. Opinnäytetyössä käytettävä reaaliaikainen PCR mahdollistaa nopeamman diagnoosin, sillä monistuvan tuotteen määrää voi seurata reaaliaikaisesti.

Tämän opinnäytetyön toimeksiantajana toimi Oulun yliopistollisen sairaalan patologian yksikkö. Opinnäytetyön tarkoituksena oli suorittaa molekyylipatologian menetelmällä testausajot käyttäen formaliinifiksoituja parafiinileikkeitä (FFPE). Opinnäytetyö tehtiin Idylla-järjestelmällä, jolla etsittiin IDH-mutaatioita glioomanäytteistä. Tavoitteena oli arvioida molekyylipatologian menetelmän hyödynnettävyyttä selvittämällä menetelmän toimivuutta ja vertailemalla saatujen tulosten vastaavuutta immunohistokemian tuloksiin. Opinnäytetyön toteutustavaksi valikoitui toiminnallinen opinnäytetyö ja saatuja tuloksia tarkasteltiin laadullisin menetelmin.

Opinnäytetyössä käytettiin 15 glioomapotilaiden FFPE-näytteitä. Opinnäytetyön tuloksissa molekyylipatologian menetelmä havaitsi mutaation ja osoitti kaikille näytteille immunohistokemian kanssa yhteensopivia tuloksia. Yhdestäkään RT-PCR-ajosta ei tullut vääriä positiivisia tuloksia. Tulokset osoittavat, että molekyylipatologian menetelmä on käyttökelpoinen vaihtoehto glioomien diagnostiikassa.

Ongelmia mutaation havaitsemisessa ilmeni vasta testattaessa valmistajan suosituksia pienempiä näytemääriä. Opinnäytetyössä oli mukana suhteellisen suurikokoisia näytteitä. Tulevaisuudessa näytteet voivat olla pienempiä varsinkin paksuneulabiopsioiden yleistyessä, ja se saattaa haastaa laitteen mutaatiohavaitsemiskyvyn. Jatkotutkimuksena voisi ajaa asteittain pienempiä näytemääriä, jolloin selviäisi pienin mahdollinen näytemäärä, josta mutaatio on vielä havaittavissa.

Molecular pathology is a specialized field of pathology that studies nucleic acids DNA and RNA, and the changes that have occurred in them. The field is rapidly evolving, and more mutations are being discovered all the time. Molecular pathology is becoming an increasingly important part of clinical pathology diagnostics. Determination of isocitrate dehydrogenase (IDH) 1/2 mutational status is important in the diagnosis of glioma. The real-time PCR used in this thesis enables a faster diagnosis, as the amount of replicate product can be observed in real time.

This thesis was commissioned by the Department of Pathology at Oulu University Hospital. The purpose of this thesis was to perform molecular pathology tests using formalin-fixed paraffin embedded sections (FFPE). The thesis was performed with the Idylla system to detect IDH mutations in samples from glioma patients. The goal was to evaluate the usefulness and functionality of the molecular pathology method and to compare the results obtained with those of immunohistochemistry.

The thesis used 15 samples. In the results of this thesis, the molecular pathology method showed results consistent with immunohistochemistry for all samples. The results indicate that the molecular pathology method is a viable option in the diagnosis of gliomas.

The samples used in this thesis were relatively large. Problems in detecting the mutation only occurred when testing smaller sample sizes than the manufacturer's recommendations. As a further study, progressively smaller sample volumes could be run, in which case the smallest possible sample amount in which the mutation is still detectable would be found.