Metsäpuiden DNA-eristyksen optimointi genomiikkatutkimuksen käyttöön
Punttila, Jenni (2024)
2024
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2024102126615
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2024102126615
Tiivistelmä
Metsäpuiden genomiikkatutkimukseen tarvitaan runsaasti tutkittavien lajien DNA:n sekvenssidataa. Edellytyksenä onnistuneelle sekvensoinnille ovat hyvälaatuisten DNA-näytteiden eristämiseen soveltuvat menetelmät. Vaatimukset DNA-näytteiden saannolle, konsentraatiolle, puhtaudelle ja DNA-fragmenttien kokojakaumalle ovat riippuvaisia käytetystä sekvensointimenetelmästä.
Opinnäytetyö tehtiin metsäpuiden evoluutiota, populaatiohistoriaa ja adaptaatioita tutkivalle tutkimusryhmälle. Tutkimusryhmässä on aiemmin käytetty spinkolonneihin perustuvaa DNA-eristysmenetelmää, mutta kasvavan näytemäärän käsittelemiseksi ryhmällä on tarve tehostaa DNA-eristystä paremmin suurille näytemäärille soveltuvaksi. Tässä opinnäytetyössä selvitettiin mahdollisuutta hyödyntää automatiikkaa DNA:n eristämiseen mänty- ja koivunäytteistä. Kokeiluun valittiin Chemagic 360- ja Maxwell RSC Instrument -laitteet. Menetelmiä optimoitiin paremmin käytetyille näytemateriaaleille soveltuviksi.
Spinkolonnikitillä ja kokeilluilla eristyslaitteella pystyttiin eristämään asetettuihin tavoitearvoihin yltävää, hyvälaatuista ja ehjää genomista DNA:ta. Erä DNA-näytteitä lähetettiin sekvensoitavaksi ulkopuoliseen laboratorioon. DNA-näytteistä saatu sekvenssidata oli hyvälaatuista. Chemagic 360 -laite osoittautui ajankäytön ja näytekohtaisten kustannusten osalta tehokkaimmaksi kokeilluista DNA-eristysmenetelmistä. Chemagic 360 -laitteelle optimoidusta menetelmästä kirjoitettiin protokolla tutkimusryhmän käyttöön.
Opinnäytetyö tehtiin metsäpuiden evoluutiota, populaatiohistoriaa ja adaptaatioita tutkivalle tutkimusryhmälle. Tutkimusryhmässä on aiemmin käytetty spinkolonneihin perustuvaa DNA-eristysmenetelmää, mutta kasvavan näytemäärän käsittelemiseksi ryhmällä on tarve tehostaa DNA-eristystä paremmin suurille näytemäärille soveltuvaksi. Tässä opinnäytetyössä selvitettiin mahdollisuutta hyödyntää automatiikkaa DNA:n eristämiseen mänty- ja koivunäytteistä. Kokeiluun valittiin Chemagic 360- ja Maxwell RSC Instrument -laitteet. Menetelmiä optimoitiin paremmin käytetyille näytemateriaaleille soveltuviksi.
Spinkolonnikitillä ja kokeilluilla eristyslaitteella pystyttiin eristämään asetettuihin tavoitearvoihin yltävää, hyvälaatuista ja ehjää genomista DNA:ta. Erä DNA-näytteitä lähetettiin sekvensoitavaksi ulkopuoliseen laboratorioon. DNA-näytteistä saatu sekvenssidata oli hyvälaatuista. Chemagic 360 -laite osoittautui ajankäytön ja näytekohtaisten kustannusten osalta tehokkaimmaksi kokeilluista DNA-eristysmenetelmistä. Chemagic 360 -laitteelle optimoidusta menetelmästä kirjoitettiin protokolla tutkimusryhmän käyttöön.