Influenssa A-viruksen qPCR menetelmän pystytys
Crawford, Emma; Venna, Riikka (2024)
2024
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2024112931250
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2024112931250
Tiivistelmä
Influenssaa sairastetaan kausittain. Influenssa A on niistä yleisin muoto, joka voi aiheuttaa epidemioita. Tehokkain menetelmä viruksen diagnosoimiseen on PCR, eli polymeraasiketjureaktio. Menetelmällä pystytään monistamaan RNA viruksen genomia eksponentiaalisesti osoittaakseen sen läsnäoloa näytteessä. Työssä käytetään kvantitatiivista RT-qPCR menetelmää, jossa RNA:sta tehdään ensin kaksijuosteista ja sen monistuminen tapahtuu reaaliajassa. Opinnäytetyössä käydään läpi influenssa A-viruksen perusominaisuuksia, RNA:n eristämistä ja eri PCR menetelmien periaatteita.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli luoda Metropolian ammattikorkeakoululle menetelmä qPCR-analysaattorille, jolla tunnistetaan influenssa A-virus nenänielunäytteestä. Tavoitteena oli luoda helposti toistettava ja luotettava menetelmä bioanalyytikon opiskelijoille mikrobiologian ja molekyyligenetiikan oppitunneille. Menetelmästä tehtiin työohjeet suomeksi ja englanniksi opiskelijoiden tueksi.
Työssä käytettiin nenänielunäytteitä eristyskitin testauksessa ja näytteinä qPCR-analyysissä. RNA eristyksen tuloksia pyrittiin mittaamaan UV spectrofotometrialla, mutta mittausmenetelmä osoittautui epäluotettavaksi. Eristyskitin toimivuutta kontrolloitiin eristämällä qPCR kontrollia kahdesta näytteestä ja monistamalla ne qPCR:llä. qPCR menetelmä osoitettiin toimivaksi positiivisen kontrollin avulla. Se oli mukana jokaisessa testianalyysissä ja se saatiin monistettua. Positiivisen kontrollin avulla pystyttiin myös hahmottamaan miten sen eri määrä qPCR ajoissa vaikuttaa tuloksiin. Menetelmän tuloksien yhteneväisyyttä arvioitiin vertaamalla keskenään ajokertoja, joissa oli mukana sama määrä positiivista kontrollia.
Opinnäytetyössä saatiin luotua menetelmä, joka tunnistaa Influenssa A-viruksen. Mutta valitun eristyskitin toimivuutta ei saatu osoitettua kunnolla menetelmässä käytetyillä näytteillä. Jatkotutkimusta olisi hyvä suorittaa positiivisten Influenssa A näytteiden avulla. Työohjeiden toimivuutta oppitunneilla ei pystytty testaamaan ajallisista syistä.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli luoda Metropolian ammattikorkeakoululle menetelmä qPCR-analysaattorille, jolla tunnistetaan influenssa A-virus nenänielunäytteestä. Tavoitteena oli luoda helposti toistettava ja luotettava menetelmä bioanalyytikon opiskelijoille mikrobiologian ja molekyyligenetiikan oppitunneille. Menetelmästä tehtiin työohjeet suomeksi ja englanniksi opiskelijoiden tueksi.
Työssä käytettiin nenänielunäytteitä eristyskitin testauksessa ja näytteinä qPCR-analyysissä. RNA eristyksen tuloksia pyrittiin mittaamaan UV spectrofotometrialla, mutta mittausmenetelmä osoittautui epäluotettavaksi. Eristyskitin toimivuutta kontrolloitiin eristämällä qPCR kontrollia kahdesta näytteestä ja monistamalla ne qPCR:llä. qPCR menetelmä osoitettiin toimivaksi positiivisen kontrollin avulla. Se oli mukana jokaisessa testianalyysissä ja se saatiin monistettua. Positiivisen kontrollin avulla pystyttiin myös hahmottamaan miten sen eri määrä qPCR ajoissa vaikuttaa tuloksiin. Menetelmän tuloksien yhteneväisyyttä arvioitiin vertaamalla keskenään ajokertoja, joissa oli mukana sama määrä positiivista kontrollia.
Opinnäytetyössä saatiin luotua menetelmä, joka tunnistaa Influenssa A-viruksen. Mutta valitun eristyskitin toimivuutta ei saatu osoitettua kunnolla menetelmässä käytetyillä näytteillä. Jatkotutkimusta olisi hyvä suorittaa positiivisten Influenssa A näytteiden avulla. Työohjeiden toimivuutta oppitunneilla ei pystytty testaamaan ajallisista syistä.