Syöpäkudosten DNA-eristys Maxwell CSC-eristysautomaatilla

Abstract

Osa Suomessa esiintyvistä sairauksista on harvinaisia jopa monessa suvussa periytyviä sairauksia. Näiden sairauksien diagnosoimiseksi geenitestaus on tärkeää ja geenitestauksen avulla sairauden diagnoosi voidaan varmistaa. Geenitutkimuksessa eristetystä DNA:sta etsitään tiettyä mutaatiota tai harvinaista sairautta aiheuttavaa geeniä. Lähes aina myös syöpä saa alkunsa geenimutaatiosta. Näiden syöpäkudoksissa tapahtuneiden muutosten tutkimiseen käytetään geenitestausta.

Opinnäytetyön tutkimuksellinen osuus toteutettiin Meilahden Genetiikan laboratorion tiloissa. Genetiikan laboratorio on Suomen suurin ja siellä tehdään vuosittain yli 50 000 perinnöllisyyteen liittyvää tutkimusta. Meilahden Genetiikan laboratoriossa on tällä hetkellä käytössä DNA:n eristämiseksi tuumorinäytteistä fenolikloroformimenetelmä, joka muiden vanhojen eristysmenetelmien tapaan on työläs ja DNA:n eristäminen on ollut hyvin hidasta. Tästä syystä Meilahden Genetiikan laboratorio haluaa korvata tämänhetkisen tuumorinäytteiden eristysmenetelmän automatisoidulla magneettipartikkeleihin perustuvalla nukleiinihappojen eristysmenetelmällä. Tarkoituksena oli löytää optimaalisin lähtömateriaalin määrä ja inkubaatioaika, jolla saanto on mahdollisimman korkea ja DNA tarpeeksi laadukasta, jotta sitä voidaan hyödyntää jatkomenetelmissä.

Varsinaisiin testauksiin päätyi 12 eri näytettä, jotka olivat joko munasarja- tai rintakudosta, joista oli löydetty syöpäsoluja ja joille oli jo aikaisemmin tehty potilaalle tilatut tutkimukset. Kudokset valikoitiin ennakkoon määritetystä noin 30 kudosnäytteen joukosta käytettävissä olevan näytemäärän, HRD-tuloksen ja mahdollisten mutaatioiden perusteella. Useiden testauskierrosten jälkeen voitiin todeta, että kahden tunnin inkubaatioajalla ja pienellä noin yhden nuppineulan pään kokoisella kudospalalla saatiin kaikista suurin määrä ehjää DNA:ta, joka kelpaisi parhaiten jatkomenetelmiin. Jatkossa Genetiikan laboratorio ottaa käyttöön testatun automatisoidun eristysmenetelmän, mikäli uuden menetelmän testauksen jälkeen saatavat tulokset ovat yhteneväisiä vanhan menetelmän tulosten kanssa.