Parecho- ja enterovirusten osoittaminen reaaliaikaisella RT- PCR-menetelmällä sekä parecho- ja enteroviruspositiivisten näytteiden virustyyppien tunnistus

Abstract

Parecho- ja enterovirus-suvut kuuluvat Picornaviridae-heimoon. Pikornavirukset ovat yksinkertaisia ja vaipattomia RNA-viruksia. Suurin osa parecho- ja enterovirusinfektioista ovat oireettomia. Ne voivat aiheuttaa kuitenkin akuutteja ja vakavia infektioita, etenkin lapsilla. Parechoviruksen aiheuttamat lasten keskushermostoinfektiot jäävät usein tunnistamatta ja diagnosoimatta. Parechovirusinfektiota ei voida erottaa enterovirusinfektiosta pelkästään kliinisten oireiden perusteella. Infektioihin ei ole lääkehoitoa, joten hoito on tällä hetkellä oireenmukaista. Enterovirusten lisäksi parechoviruksen rutiininomainen tutkiminen on välttämätöntä, koska parechovirusten nopea tunnistaminen PCR-menetelmin voi vähentää muun muassa potilaan antibioottilääkityksen määrää. Tunnistamalla taudinaiheuttaja voidaan ennakoida sekä taudin oireet että eteneminen helpommin. Uusien viruslääkkeiden kehittäminen parecho- ja enteroviruksia vastaan on tärkeää.

Toteutimme opinnäytetyön Helsingin yliopiston virologian osastolla. Opinnäytetyömme tarkoituksena oli selvittää parechoviruksen olemassaolo reaaliaikaisella RT-PCR-menetelmällä aiemmin enterovirusnegatiivisiksi todetuista näytteistä (n=90). Näytteistä varmensimme myös enterovirusnegatiivisuuden. Aiemmin parecho- ja enteroviruspositiivisiksi todetuista näytteistä tarkoituksemme oli selvittää virustyypit (n=24). Suoritimme tämän monistamalla viruskantojen tyypitykseen käytettävän genomialueen nested-RT-PCR:llä. PCR-tuotteet sekvensoitiin toisaalla ja sekvenssitulosten perusteella tyypitimme virukset.

Otoksessamme (n=90) ei esiintynyt parechovirusta. Saimme tyypitettyä lähes kaikki tutkimamme (n=24) virukset, joten tulosta voidaan pitää hyvänä. Löytämämme virustyypit kuuluivat human parechovirus-, enterovirus A- ja B-lajeihin. Opinnäytetyön tuloksilla voidaan osoittaa, että virusten tyypittäminen on tärkeää. On välttämätöntä, että jatkossa parechovirustutkimuksia jatketaan ja tietoa niistä syvennetään.

Parecho and enteroviruses are viral genera of the family Picornaviridae. Picornaviruses are simple non-enveloped RNA viruses. Most infections caused by parecho and enterovirus are asymptomatic. However, these viruses can cause acute and serious infections, especially in children. Infections of the central nervous system in children caused by parechovirus often remain unidentified and undiagnosed. It is not possible to distinguish between infections caused by parechoviruses and enteroviruses by clinical signs alone. As there is no known medical treatment for these infections the patients are currently only given supportive care. In addition to enteroviruses, it is necessary to detect parechovirus routinely, because their rapid detection by RT-PCR can reduce the unnecessary use of antibiotics. By correct identification of the pathogen it is possible to more easily anticipate the symptoms and progression of the disease. It is highly important to develop antiviral drugs against parecho and enteroviruses.

The research for our final project was carried out at the Department of Virology of the University of Helsinki. The purpose of our final project was to detect and analyse parechovirus in CSF and serum samples (n=90) by real-time RT-PCR. Previously, the samples were detected enterovirus negative. We also certified the negative results for these earlier tests. An additional purpose was to identify the types of viruses in the samples (n=24) ealier detected parecho and enteroviruspositive. We accomplished this by copying the genomic region used to type the virus strains using nested RT-PCR. The samples were sequenced elsewhere and we typed the viruses by analysing the sequence.

The results showed there were no parechoviruses in the samples (n=90). Since nearly all the viruses (n=24) were typed, the study can be considered a success. The viruses found belonged to the species Human parechovirus, Enterovirus A and Enterovirus B. The results of our final project indicate the importance of typing the viruses. More research on the parechoviruses is needed to deepen and spread the knowledge of them.