Ohjeistus pintanäytteenottoon PCR-laboratorioympäristössä mahdollisen kontaminaation havaitsemiseksi
Kolehmainen, Aada; Kanerva, Tuula (2025)
2025
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202502122737
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202502122737
Tiivistelmä
Tämä opinnäytetyö on tehty yhteistyössä HUS-diagnostiikkakeskuksen virologian ja immunologian yksikön kanssa. Yksiköltä puuttui yhtenäinen ohjeistus pintanäytteenottoon kontaminaatiotilanteessa, ja se luotiin nyt opinnäytetyössä suoritetun tutkimuksen ja aiemman tutkimustiedon pohjalta. Opinnäytetyön tutkimuksessa testattiin erilaisia näytteenottotikkuja SARS-CoV-2-virusnäytteellä useissa rinnakkaisissa sarjoissa.
PCR (Polymeraasiketjureaktio) on yleisesti käytetty menetelmä virusdiagnostiikassa. Menetelmässä tunnistetaan ja monistetaan viruksen perimää polymeraasientsyymin avulla. Tikkunäytteet analysoitiin Cepheidin GeneXpert-analysaattorilla, joka hyödyntää reaaliaikaista PCR-menetelmää. Yhdestäkin geenijuosteesta saadaan PCR-reaktiolla monistettua miljoonia juosteita, jonka vuoksi menetelmä on herkkä kontaminaatioille. Tämän vuoksi menetelmän kanssa työskentelyssä on seurattava tarkasti aseptista työskentelytapaa. On tärkeää olla ohjeistus siitä, miten kontaminaatiotilanteessa toimitaan ja saadaan kontaminaatio paikannettua, ettei yksikön diagnostiikka kärsi.
Aiemman tutkimustiedon mukaan vaahtomuovinen näytteenottotikku kerää tehokkaimmin virusmateriaalia pinnoilta. Opinnäytetyön erilaisilla kuivilla tikuilla suoritetuissa tutkimuksissa nukkatikku sai parhaimmat tulokset suurimmassa osassa testejä. Nukkatikkua testattiin vielä kostutettuna, jolloin nukkatikun tuloksista saatiin vielä parempia. Tulokset koottiin taulukkoon, ja vertailtiin keskenään. Kontaminaatioille alttiita paikkoja määritettiin virologian asiantuntijoiden tiedon pohjalta, ja otettiin huomioon ohjeistuksen rakentamisessa.
Opinnäytetyönä rakennettu ohjeistus sisältää toiminnanohjauksen, näytteenottovälineiden esittelemisen, vaiheittaisen ohjeistuksen näytteenottoon, sekä havainnollistavia kuvia. Jatkossa ohjeistukseen liittyvää tutkimusta voisi jatkaa siten, että tikkuja testataan eri viruksilla ja näytteenottotekniikkaa isommilla näytteenottoalustoilla, jossa sen vaikutusta pääsisi kokemaan kontrolloiduissa olosuhteissa.
PCR (Polymeraasiketjureaktio) on yleisesti käytetty menetelmä virusdiagnostiikassa. Menetelmässä tunnistetaan ja monistetaan viruksen perimää polymeraasientsyymin avulla. Tikkunäytteet analysoitiin Cepheidin GeneXpert-analysaattorilla, joka hyödyntää reaaliaikaista PCR-menetelmää. Yhdestäkin geenijuosteesta saadaan PCR-reaktiolla monistettua miljoonia juosteita, jonka vuoksi menetelmä on herkkä kontaminaatioille. Tämän vuoksi menetelmän kanssa työskentelyssä on seurattava tarkasti aseptista työskentelytapaa. On tärkeää olla ohjeistus siitä, miten kontaminaatiotilanteessa toimitaan ja saadaan kontaminaatio paikannettua, ettei yksikön diagnostiikka kärsi.
Aiemman tutkimustiedon mukaan vaahtomuovinen näytteenottotikku kerää tehokkaimmin virusmateriaalia pinnoilta. Opinnäytetyön erilaisilla kuivilla tikuilla suoritetuissa tutkimuksissa nukkatikku sai parhaimmat tulokset suurimmassa osassa testejä. Nukkatikkua testattiin vielä kostutettuna, jolloin nukkatikun tuloksista saatiin vielä parempia. Tulokset koottiin taulukkoon, ja vertailtiin keskenään. Kontaminaatioille alttiita paikkoja määritettiin virologian asiantuntijoiden tiedon pohjalta, ja otettiin huomioon ohjeistuksen rakentamisessa.
Opinnäytetyönä rakennettu ohjeistus sisältää toiminnanohjauksen, näytteenottovälineiden esittelemisen, vaiheittaisen ohjeistuksen näytteenottoon, sekä havainnollistavia kuvia. Jatkossa ohjeistukseen liittyvää tutkimusta voisi jatkaa siten, että tikkuja testataan eri viruksilla ja näytteenottotekniikkaa isommilla näytteenottoalustoilla, jossa sen vaikutusta pääsisi kokemaan kontrolloiduissa olosuhteissa.