DSE-sienten lajinmääritys sekä lämpötilan ja veden saatavuuden vaikutukset kasvuun
Pumppu, Maria (2025)
2025
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202503043634
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202503043634
Tiivistelmä
Opinnäytetyön tavoite oli tuottaa uutta tietoa DSE (Dark Septate Endophytes) -sienistä, jotka kasvavat isäntäkasvin solujen sisällä tai välissä. Lisäksi tutkittiin ilmastonmuutoksen vaikutusta DSE-sienten kasvuun. Opinnäytetyössä pyrittiin myös määrittämään metsäkasvien juurista eristettyjen sieni-isolaattien lajit molekyylimenetelmiä käyttäen.
Yhteensä 47 sieni-isolaatin puhdasviljelmistä eristettiin DNA, jota käytettiin templaattina PCR-reaktiossa. Sieni-isolaattien genomista monistettiin ITS2- ja EF-alueita, jotka lähetettiin puhdistuksen jälkeen sekvensoitavaksi. Editoituja sekvenssejä verrattiin toisiinsa National Center for Biotechonology Information (NCBI) ylläpitämällä BLAST-ohjelmalla (parittaiset sekvenssirinnastukset), minkä jälkeen erilaisille sekvensseille suoritettiin haut käyttäen kahta sekvenssitietokantaa.
Opinnäytetyössä toteutettiin DSE-sienten kasvatuskoe NaCl- ja PEG-kasvatusmaljoilla, joiden tarkoituksena oli selvittää osmoottisen ja matriisistressin vaikutuksia neljän eri sieni-isolaattien kasvuun. NaCl- ja PEG-kasvatusmaljoja inkuboitiin +15°C:n ja +25 ºC:n lämpökaapeissa neljän viikon ajan. Kasvua seurattiin viikoittain ja kerättyä aineistoa analysoitiin tilastollisesti.
Yhteensä 15 sieni-isolaatin määrittäminen onnistui sukutasolle käyttäen kahta eri geenialuetta. Kasvatuskokeen tulosten perusteella sieni-isolaattien kasvu oli nopeampaa +25 ºC:ssa. Yleisesti sekä NaCl että PEG hidastivat sienten kasvua erityisesti suuremmissa konsentraatioissa, joskin tilastollisesti merkittävissä tuloksissa havaittiin eroja sieni-isolaattien välillä. Tulosten perusteella korkeammat lämpötilat voivat nopeuttaa juuriendofyyttisienien kasvua, mikäli veden saatavuus ei samalla heikenny.
Yhteensä 47 sieni-isolaatin puhdasviljelmistä eristettiin DNA, jota käytettiin templaattina PCR-reaktiossa. Sieni-isolaattien genomista monistettiin ITS2- ja EF-alueita, jotka lähetettiin puhdistuksen jälkeen sekvensoitavaksi. Editoituja sekvenssejä verrattiin toisiinsa National Center for Biotechonology Information (NCBI) ylläpitämällä BLAST-ohjelmalla (parittaiset sekvenssirinnastukset), minkä jälkeen erilaisille sekvensseille suoritettiin haut käyttäen kahta sekvenssitietokantaa.
Opinnäytetyössä toteutettiin DSE-sienten kasvatuskoe NaCl- ja PEG-kasvatusmaljoilla, joiden tarkoituksena oli selvittää osmoottisen ja matriisistressin vaikutuksia neljän eri sieni-isolaattien kasvuun. NaCl- ja PEG-kasvatusmaljoja inkuboitiin +15°C:n ja +25 ºC:n lämpökaapeissa neljän viikon ajan. Kasvua seurattiin viikoittain ja kerättyä aineistoa analysoitiin tilastollisesti.
Yhteensä 15 sieni-isolaatin määrittäminen onnistui sukutasolle käyttäen kahta eri geenialuetta. Kasvatuskokeen tulosten perusteella sieni-isolaattien kasvu oli nopeampaa +25 ºC:ssa. Yleisesti sekä NaCl että PEG hidastivat sienten kasvua erityisesti suuremmissa konsentraatioissa, joskin tilastollisesti merkittävissä tuloksissa havaittiin eroja sieni-isolaattien välillä. Tulosten perusteella korkeammat lämpötilat voivat nopeuttaa juuriendofyyttisienien kasvua, mikäli veden saatavuus ei samalla heikenny.