Fish DNA Barcoding -menetelmäkehitys
Vallius, Iiro (2025)
2025
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2025052817569
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2025052817569
Tiivistelmä
Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli kehittää ja optimoida kalalajien tunnistamiseen soveltuva DNA-viivakoodausmenetelmä Metropolia Ammattikorkeakoulun käyttöön. Menetelmä perustuu Bio Radin Fish DNA Barcoding -kittiin ja Metropolian laboratorioanalyytikko-opiskelijoiden vuoden 2024 innovaatioprojektiraporttiin. Työn kokeellinen osuus tehtiin Metropolian Myymäen kampuksen laboratoriotiloissa.
Tutkimus sisälsi useita vaiheita: olemassa olevien Bio Radin ja Metropolian protokollien alustava testaus, kolmen eri DNA-eristyskitin (Bio Rad, Thermo Scientific, QIAGEN) vertailu, ja lopuksi kehitetyn menetelmän testaus erilaisilla kalanäytteillä. Keskeisiä menetelmiä ja tekniikoita olivat DNA:n eristys, COI-geenialueen PCR-monistus uusilla ja olemassa olevilla alukkeilla sekä agaroosigeelielektroforeesi PCR-tuotteiden varmistamiseksi. Sekvensointi oli ulkoistettu Suomen molekyylilääketieteen instituutille (FIMM). Lajintunnistus tehtiin vertailemalla saatuja sekvenssejä GenBank- ja BOLD-tietokantoihin.
Tulokset osoittivat, että uusilla alukkeilla ja niiden pohjalta laaditulla PCR-ohjelmalla voitiin toistettavasti saavuttaa vertailukelpoisia tuloksia kaupalliseen Bio Radin kittiin verrattuna monien näytteiden osalta. Havaittiin, että menetelmä ei sovi hyvin rasvapitoisten kalanäytteiden, kuten lohen ja silakan, viivakoodaukseen Näiden haastavien näytteiden osalta saattaa olla tarpeen käyttää esikäsittelyvaiheita tai lipidinpoistoon erikoistuneita kittejä. Kehitetty DNA-viivakoodausmenetelmä soveltuu opetuskäyttöön nämä rajoitukset huomioiden.
Tutkimus sisälsi useita vaiheita: olemassa olevien Bio Radin ja Metropolian protokollien alustava testaus, kolmen eri DNA-eristyskitin (Bio Rad, Thermo Scientific, QIAGEN) vertailu, ja lopuksi kehitetyn menetelmän testaus erilaisilla kalanäytteillä. Keskeisiä menetelmiä ja tekniikoita olivat DNA:n eristys, COI-geenialueen PCR-monistus uusilla ja olemassa olevilla alukkeilla sekä agaroosigeelielektroforeesi PCR-tuotteiden varmistamiseksi. Sekvensointi oli ulkoistettu Suomen molekyylilääketieteen instituutille (FIMM). Lajintunnistus tehtiin vertailemalla saatuja sekvenssejä GenBank- ja BOLD-tietokantoihin.
Tulokset osoittivat, että uusilla alukkeilla ja niiden pohjalta laaditulla PCR-ohjelmalla voitiin toistettavasti saavuttaa vertailukelpoisia tuloksia kaupalliseen Bio Radin kittiin verrattuna monien näytteiden osalta. Havaittiin, että menetelmä ei sovi hyvin rasvapitoisten kalanäytteiden, kuten lohen ja silakan, viivakoodaukseen Näiden haastavien näytteiden osalta saattaa olla tarpeen käyttää esikäsittelyvaiheita tai lipidinpoistoon erikoistuneita kittejä. Kehitetty DNA-viivakoodausmenetelmä soveltuu opetuskäyttöön nämä rajoitukset huomioiden.