Reaaliaikaisten multipleksi-RT-PCR-menetelmien kehittäminen naudan hengitystie- ja ulostevirusten toteamiseksi
Antina, Anna (2025)
2025
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2025110427005
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2025110427005
Tiivistelmä
Opinnäytetyö toteutettiin kesällä 2025 Ruokaviraston Eläinterveystutkimuksen yksikössä, Harraste-eläin- ja märehtijävirologian jaostossa. Tavoitteena oli pystyttää ja optimoida reaaliaikaiset multipleksi-RT-PCR-menetelmät, joilla voidaan samanaikaisesti tunnistaa useita nautojen hengitys- ja ruoansulatuskanavan viruksia yhdestä näytteestä sekä arvioida menetelmien herkkyyttä, spesifisyyttä, kustannuksia, työaikaa ja toistettavuutta verrattuna yksittäisiin RT-qPCR-analyyseihin.
Tutkimuksessa keskityttiin nautojen hengitystieviruksiin (RS-virus, koronavirus, parainfluenssavirus 3, influenssa D-virus) ja ulosteviruksiin (koronavirus, rotavirus A, adenovirukset BAdV3 ja BAdV4–8) sekä β-aktiinia käytettiin sisäisenä kontrollina. Kolme multipleksi-RT-qPCR-menetelmää kohdistettiin hengitystie- ja ulosteviruksiin niiden esiintyvyyden perusteella nautojen elimistössä. Menetelmien optimointi todisti RT-qPCR-multipleksien toimivuuden, erityisesti hengitystieviruksia analysoivan PCR 1 -menetelmän osalta, vaikka joillekin viruksille, kuten rotavirus A:lle, havaittiin vielä kehitystarvetta.
Tulokset osoittavat, että reaaliaikainen multipleksi-RT-PCR on tehokas ja kustannustehokas menetelmä useiden nautojen virusten samanaikaiseen tunnistamiseen. Se nopeuttaa analyysiprosessia, vähentää reagenssikuluja ja parantaa laboratoriotyön luotettavuutta, tarjoten hyvän pohjan jatkotutkimuksille ja diagnostiikan kehittämiselle.
Tutkimuksessa keskityttiin nautojen hengitystieviruksiin (RS-virus, koronavirus, parainfluenssavirus 3, influenssa D-virus) ja ulosteviruksiin (koronavirus, rotavirus A, adenovirukset BAdV3 ja BAdV4–8) sekä β-aktiinia käytettiin sisäisenä kontrollina. Kolme multipleksi-RT-qPCR-menetelmää kohdistettiin hengitystie- ja ulosteviruksiin niiden esiintyvyyden perusteella nautojen elimistössä. Menetelmien optimointi todisti RT-qPCR-multipleksien toimivuuden, erityisesti hengitystieviruksia analysoivan PCR 1 -menetelmän osalta, vaikka joillekin viruksille, kuten rotavirus A:lle, havaittiin vielä kehitystarvetta.
Tulokset osoittavat, että reaaliaikainen multipleksi-RT-PCR on tehokas ja kustannustehokas menetelmä useiden nautojen virusten samanaikaiseen tunnistamiseen. Se nopeuttaa analyysiprosessia, vähentää reagenssikuluja ja parantaa laboratoriotyön luotettavuutta, tarjoten hyvän pohjan jatkotutkimuksille ja diagnostiikan kehittämiselle.