Monistettavan STR-rikosgenetiikkasarjan kehitysvalidointi ja suorituskyvyn arviointi Oxford Nanoporella
Makarova, Anna (2026)
2026
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2026052818112
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2026052818112
Tiivistelmä
Tämä opinnäytetyö on tehty laboratoriolle MaestroLab Oy ja tavoitteena oli arvioida Nanopore-sekvensointimenetelmän soveltavuutta DNA-profilointiin STR-analyysiin. Työssä tarkasteltiin menetelmän herkkyyttä, kyky analysoida seosnäytteitä, tulosten yhdenmukaisuus verrattuna perinteiseen kapillaarielektroforeesiin, spesifisyyttä ja inhibiittorien sietokykyä.
Menetelmän herkkyyttä analysoitiin pitoisuusalueella 2,5–500 pg. Tulosten perusteella alleelit olivat luotettavasti tunnistettavissa noin 25 pg:n pitoisuuteen asti, jonka jälkeen havaittiin alleelien katoamista ja epätasapainoisuutta. Seosnäyteanalyysissä huomat-tiin, että menetelmä kykenee tunnistamaan pienemmän DNA-osuuden alleelit jopa suhteessa 1:50, vaikka markkerikohtaisia eroja esiintyikin.
Menetelmän yhdenmukaisuutta arvioitiin vertaamalla Nanopore-sekvensoinnilla saatu-ja tuloksia perinteiseen kapillaarielektroforeesin tuottamiin profiileihin. Tuloksien perusteella saatiin molemmilla menetelmillä lähes kaikki alleelit tunnistettua yhtenevästi, lukuun ottamatta muutamia poikkeuksia. Nämä yksittäiset erot liittyivät osittain näyt-teiden välisistä eroista sekä todennäköisesti alleelien kiinnittymisestä.
Spesifisyydessä analysoitiin eläinnäytteitä ja siitä, kykeneekö eläin-DNA sitoutumaan ihmisnäytteisiin tarkoitettuihin STR-alueiden alukkeisiin. Tämä analyysi osoitti, että STR-markkerit eivät sitoutuneet eläinnäytteisiin monistuksen aikana.
Tulosten perusteella Nanopore-sekvensointi osoittautui hyväksi ja luotettavaksi menetelmänä DNA-profilointiin. Menetelmä kykenee tunnistamaan alleelit myös matalilla DNA-pitoisuusalueilla ja toimii yhdenmukaisesti perinteisen analyysimenetelmän kanssa. Matalassa pitoisuudessa tulosten tulkinnassa kuitenkin täytyy ottaa huomioon mahdolliset alleelien häviämiset.
Opinnäytetyössä on käytetty tekstin muokkauksessa, tekstin kieliasun viimeistelyssä sekä ideoinnissa tekoälyä ChatGPT:tä v. 5.5. Tekoälyä on käytetty englannin kielen tiivistelmän käännöksessä.
Menetelmän herkkyyttä analysoitiin pitoisuusalueella 2,5–500 pg. Tulosten perusteella alleelit olivat luotettavasti tunnistettavissa noin 25 pg:n pitoisuuteen asti, jonka jälkeen havaittiin alleelien katoamista ja epätasapainoisuutta. Seosnäyteanalyysissä huomat-tiin, että menetelmä kykenee tunnistamaan pienemmän DNA-osuuden alleelit jopa suhteessa 1:50, vaikka markkerikohtaisia eroja esiintyikin.
Menetelmän yhdenmukaisuutta arvioitiin vertaamalla Nanopore-sekvensoinnilla saatu-ja tuloksia perinteiseen kapillaarielektroforeesin tuottamiin profiileihin. Tuloksien perusteella saatiin molemmilla menetelmillä lähes kaikki alleelit tunnistettua yhtenevästi, lukuun ottamatta muutamia poikkeuksia. Nämä yksittäiset erot liittyivät osittain näyt-teiden välisistä eroista sekä todennäköisesti alleelien kiinnittymisestä.
Spesifisyydessä analysoitiin eläinnäytteitä ja siitä, kykeneekö eläin-DNA sitoutumaan ihmisnäytteisiin tarkoitettuihin STR-alueiden alukkeisiin. Tämä analyysi osoitti, että STR-markkerit eivät sitoutuneet eläinnäytteisiin monistuksen aikana.
Tulosten perusteella Nanopore-sekvensointi osoittautui hyväksi ja luotettavaksi menetelmänä DNA-profilointiin. Menetelmä kykenee tunnistamaan alleelit myös matalilla DNA-pitoisuusalueilla ja toimii yhdenmukaisesti perinteisen analyysimenetelmän kanssa. Matalassa pitoisuudessa tulosten tulkinnassa kuitenkin täytyy ottaa huomioon mahdolliset alleelien häviämiset.
Opinnäytetyössä on käytetty tekstin muokkauksessa, tekstin kieliasun viimeistelyssä sekä ideoinnissa tekoälyä ChatGPT:tä v. 5.5. Tekoälyä on käytetty englannin kielen tiivistelmän käännöksessä.